政府投資項目全過程跟蹤審計的主要審計內容一般有：
1、項目投資決策情況
對建設項目的研究、決策程序的合法性、合規(guī)性進行審計，對建設項目的建設內容的合法性、合規(guī)性進行審計。
2、項目履行建設程序情況
對建設項目的立項、可行性研究、初步設計和設計審查、施工許可等審批、核準、備案程序的合法性、合規(guī)性進行審計，對建設項目的用地、規(guī)劃和環(huán)境影響評價等審批、核準、備案程序的合法性、合規(guī)性進行審計。
3、項目概（預）算執(zhí)行情況
對建設項目概算執(zhí)行情況及概算調整的真實性、合規(guī)性進行審計，對建設項目設計內容變更和變更程序的合法性、合規(guī)性進行審計，對建設項目實施進度情況進行審計。
4、項目招標、投標情況
對建設項目的勘察、設計、施工、監(jiān)理、材料設備及咨詢服務等招標方式的合法性、合規(guī)性進行審計，對建設項目招標文件、公告發(fā)布的合法性、合規(guī)性進行審計，對勘察、設計、施工、監(jiān)理、造價咨詢、質量檢測等建設相關單位及人員，超越、借用資質與資格承接業(yè)務等情況進行審計，對建設項目的招投標程序、評標工作和招標投標管理工作的合法性、合規(guī)性進行審計。
5、項目合同簽訂與履行情況
對建設項目經濟合同與招標文件、投標承諾和評標結果的一致性進行審計，對建設項目經濟合同內容和簽訂程序的合法性、合規(guī)性進行審計，對建設項目經濟合同履行過程中的補充協(xié)議、簽證和紀要與中標合同實質性內容的一致性進行審計，對建設項目經濟合同履行情況進行審計。
6、項目建設管理情況
對建設單位按國家有關規(guī)定和本單位實際情況建立健全相關的內控制度，以及制度的合規(guī)性、完整性進行審計，對建設單位內控制度執(zhí)行的有效性進行審計，對勘察、設計、施工、監(jiān)理、質量檢測等建設相關單位，執(zhí)行工程質量標準或合同約定的質量要求的情況進行審計。對于設計變更，審計組應要求建設單位提供設計變更的原因及參照的設計規(guī)范，并要求施工單位在實施前報送設計變更對造價與工期的影響分析。
7、項目建設資金籌集與使用情況
對建設項目資金落實情況、到位情況的真實性和資金管理、使用的合規(guī)性進行審計，對建設資金使用、獨立核算的合法性、合規(guī)性進行審計，對建設項目資金支付與建設項目施工進度的一致性進行審計。
8、項目投資績效情況
依據有關社會、經濟、技術、環(huán)境等指標和項目可行性研究報告，結合工程的實際情況，評價項目的效益情況。評價建設資金的使用效果和合理利用程度。
